Uno de los grupos faunísticos más destacables en el Parque es el de las aves, representadas por un gran número de especies de rapaces entre las que se encuentran el alimoche, el halcón peregrino, el gavilán o el azor. Además de las rapaces, durante los pasos migratorios los bandos de palomas torcaces, zorzales y paseriformes sobrevuelan los collados de Urkiola en sus largos viajes. Entre los mamíferos, otro importante grupo faunístico, cabe destacar la presencia de varios carnívoros, como la marta, la garduña, la jineta, el tejón y el armiño.